Prosesi ngaben Gubernur Bali Anak Agung Bagus Sutedja secara simbolik di Jembrana tahun 2006 . (dok. IDN Times/Kisah Penculikan Gubernur Bali, Sutedja, 1966, 2015)
Pasca Gerakan 30 September PKI, Sutedja menjadi sasaran empuk bagi lawan politiknya. Sutedja yang merupakan simpatisan Soekarno, dituduh dekat juga dengan Komunis. Seperti dikisahkan dalam buku "Kisah Penculikan Gubernur Bali, Sutedja 1966" yang ditulis oleh wartawan senior harian Sinar Harapan, Aju, Sutedja ditugaskan di Jakarta sejak 1 Desember 1965 karena dipanggil oleh Presiden Soekarno berdasarkan SK Nomor 380/1965. Dia berkantor di Kementerian Dalam Negeri dan Dewan Pertimbangan Agung.
Pada bulan Juli 1966, Mobil Jeep Nissan Patrol berhenti di depan rumah Sutedja di Kompleks Senayan Nomor 261/262, Jakarta pada 29 Juli 1966, pukul 09.00 WIB. Saat itu ada tiga orang tentara yang menjemput Sutedja. Satu orang sebagai komandan bersenjata pistol, sementara dua anggotanya memegang laras panjang.
Karena yang menjemputnya bertingkah sopan dan hormat, Sutedja tidak menaruh curiga. Sutedja seketika berpakaian rapi dengan berkemeja lengan panjang biru muda dipadu celana panjang dan sepatu hitam. Sutedja mengikuti orang yang menjemputnya dan lupa berpamitan dengan sang istri, Anak Agung Istri Ngurah Sunitri.
Namun itulah hari terakhir sang istri melihat Sutedja. Setelah hari itu, Sutedja tidak pernah kembali dan tidak pernah diketahui keberadaanya sampai saat ini.