Meru tumpang lima di Pura Er Jeruk. (YouTube.com/Dewa Panji)
Pura Er Jeruk memiliki tiga mandala (halaman) yaitu mandala pertama (Bhur Loka), mandala kedua (Bhuwah Loka), dan mandala ketiga (Swah Loka). Mandala ini sebagai simbol keberadaan alam semesta. Masing-masing mandala memiliki nilai kesucian yang berbeda.
Area Swah Loka atau mandala utama (jeroan) terdapat beberapa bangunan suci utama di Pura Er Jeruk. Bangunan padmasana merupakan konsep dari Dang Hyang Nirartha. Padmasana berfungsi untuk memuja Tuhan atau Ida Sang Hyang Widhi Wasa.
Meru tumpang lima menjadi pelinggih inti di Pura Er Jeruk. Bangunan suci ini berfungsi sebagai tempat memuja Dewa Putrajaya. Selain meru tumpang lima, terdapat juga meru tumpang tiga. Bangunan suci ini dibangun untuk menghormati kebesaran Dang Hyang Dwijendra yang telah melakukan pembaharuan di Pura Er Jeruk.
Untuk menghormati kedatangan Mpu Kuturan di Bali, terdapat pelinggih Ratu Menjangan Saluang. Berikutnya terdapat Limas Catu atau pelinggih Ratu Meres memiliki puncak atap yang dibuat datar. Pelinggih ini berfungsi untuk memuja (penyawangan) Ida Bhatara di Gunung Lempuyang.
Selain bangunan suci di atas, masih terdapat beberapa bangunan suci lainnya seperti pelinggih Ratu Ngurah Agung, pelinggih Sapta Patala, bale paingkupan, bale peselang, bale pewedan, bale gong, peletasan, bale pelik, kori agung, bale pengiyasan, bale lumbung, pelinggih Ratu Ngurah Anom, meru tumpang dua, limas sari, padmasari, palinggih tirta, pangaruman, dan pelinggih widyadara dan widyadari.
Masyarakat yang mendapatkan kewajiban ngemong atau ngempon (pengempon) Pura Er Jeruk adalah warga (krama) Subak Gede Sukawati. Pura Er Jeruk melaksanakan upacara atau piodalan setiap 210 hari sekali tepatnya pada hari Pegatwakan, Rabu, Buda Kliwon, wuku Paang.