Sejarah berdirinya Klungkung tidak terlepas dari keberadaan Kerajaan Gelgel, yang menjadi pusat kerajaan Bali pada masa lampau. Kerajaan ini mencapai masa kejayaannya pada saat Pemerintahan Dalem Waturenggong. Namun kerajaan ini mulai memasuki masa kelam ketika dipegang oleh Raja Dalem Dimade.
Pada masa itu pula menjadi awal berdirinya Kerajaan Klungkung, yang merupakan cikal bakal berdirinya Kabupaten Klungkung. Berikut sejarah Kabupaten Klungkung yang mungkin kamu belum tahu.
Pada saat Kerajaan Gelgel diperintah oleh Dalem Dimade sekitar tahun 1650, Perdana Menteri Kerajaan bernama I Gusti Agung Maruti melakukan pemberontakan dan menandai runtuhnya Kerjaaan Gelgel. Raja Dalem Dimade yang selamat dari pemberontakan tersebut lalu mengungsi ke wilayah Kerajaan Bangli.
Mulai saat itulah Kerajaan Gelgel menjadi kekuasaan Gusti Agung Maruti. Anggota Kerajaan Gelgel yang masih tersisa, selama bertahun-tahun menyusun strategi untuk merebut kembali kerajaannya yang selama berabad-abad menjadi pusat kerajaan di Bali.
Pada tahun 1689 Masehi, putra dari Dalem Dimade, Ida I Dewa Agung Jambe, berhasil merebut kembali Kerajaan Gelgel dari tangan Gusti Agung Maruti. Kerajaan Gelgel yang sudah jauh dari masa keemasan lalu memindahkan lokasi pusat pemerintahannya ke utara Kerajaan Gelgel dan dinamai Klungkung.
Di lokasi ini, Ida I Dewa Agung Jambe kembali membangkitkan Dinasti Gelgel dengan membangun pusat pemerintahan yang diberi nama Semarapura atau Semarajaya (Kini menjadi nama Ibu Kota Klungkung). Raja yang memerintah pun silih berganti, namun tetap dari keturunan Ida I Dewa Agung Jambe sebagai penerus Dinasti Gelgel.
Hanya saja kekuatan kerajaan ini mulai menurun drastis. Wilayah kerajaannya mulai terbelah dan membentuk kerajaan-kerajaan kecil seperti Denpasar, Bangli, Gianyar, Tabanan, Buleleng, Karangasem, dan Badung.
masa pemerintahan Ida I Dewa Agung Agung jambe (nama yang sama dengan pendiri kerajaan Klungkung pasca perebutan kekuasaan oleh Gusti Maruti).
Pada masa inilah, Kolonial Belanda menginvasi Kerajaan Klungkung. Sampai akhirnya tercetus perang Puputan Klungkung pada 28 April 1908, terjadilah perang puputan atau perang habis-habisan untuk menjaga kedaulatan kerajaan.
Dalam perang itu, sang raja, pembesar kerajaan dan keluarga raja termasuk putra mahkota gugur dalam medan pertempuran. Mereka gugur bersama rakyat demi menjaga kedaulatan. Sementara beberapa kerabat raja yang selamat, sempat diasingkan oleh kolonial ke Lombok.
Untuk menstabilkan pemerintahan pascaperang dan menarik simpati masyarakat Klungkung, yang kala itu sangat membenci Kolonial Belanda, ditempatkanlah seorang regent (Zelfbesturder Landschap Van Klungkung) atau setingkat bupati.
Kolonial mengangkat Ida I Dewa Agung Gede Oka Geg sebagai regent pada bulan Juli 1929. Ida I Dewa Agung Oka Geg merupakan tokoh kerajaanKKlungkung yang tersisa pascaperang. Ia merupakan sepupu langsung dari Raja Klungkung terakhir, Ida I Dewa Agung Jambe. Pemerintahan sistem ini berlangsung sampai Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya pada tahun 1945.
Pascaproklamasi kemerdekaan Indonesia, Daerah Swapraja di Klungkung diubah bentuknya menjadi Daerah Tingkat II Klungkung. Hal ini tertuang dalam Undang-Undang Darurat Republik Indonesia Nomor 69 Tahun 1958 tanggal 9 Agustus 1958, Tentang Pembentukan Daerah-daerah Tingkat II dalam Wilayah Daerah-daerah Tingkat I Bali, Nusa Tenggara Barat, dan Nusa Tenggara Timur.
Lalu dalam UU Nomor 5 Tahun 1974, daerah Kabupaten Dati II berubah nama menjadi Kabupaten. Menteri Dalam Negeri, Rudini, mengubah nama Kota Klungkung menjadi Kota Semarapura pada tanggal 28 April 1992 berdasarkan Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 18 Tahun 1992.
Pada tanggal 28 April juga diperingati sebagai peringatan Puputan Klungkung dan hari jadi Kota Semarapura.